Label-free：無標(biāo)簽標(biāo)記的定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究，依賴于繁雜的信息分析完成定量過程，主要有兩種：信號強(qiáng)度和譜圖計(jì)數(shù)法^[1]。前者根據(jù)一級質(zhì)譜相關(guān)的肽段峰強(qiáng)度（Mass spectral peak intensity）、峰面積（Peak area）、液相色譜保留時(shí)間（LC retention time）等信息進(jìn)行定量分析；后者根據(jù)二級質(zhì)譜相關(guān)的每個(gè)蛋白鑒定到的肽段總次數(shù)（Peptide hide或Spectral counts）、所鑒定肽段的離子價(jià)位（Ion counts of identified peptides）等信息進(jìn)行定量分析。定量原理見下圖：

技術(shù)特點(diǎn)

無標(biāo)記：克服標(biāo)記樣本的局限性，可研究大規(guī)模樣本

數(shù)據(jù)要求高：基于高實(shí)驗(yàn)重復(fù)性，得到準(zhǔn)確結(jié)果

定量方法：基于信息分析進(jìn)行差異蛋白定量

數(shù)據(jù)量大：信息分析要求高

信息分析內(nèi)容

數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)

蛋白質(zhì)鑒定結(jié)果

蛋白質(zhì)定量結(jié)果

蛋白質(zhì)GO分析

蛋白質(zhì)COG分析

蛋白質(zhì)Pathway代謝通路分析

差異蛋白GO富集分析

差異蛋白的Pathway富集分析

重復(fù)性分析（僅針對有重復(fù)設(shè)計(jì)的項(xiàng)目）

多樣品間表達(dá)模式聚類（適用于樣本數(shù)≥3的項(xiàng)目）

定制化信息分析

蛋白質(zhì)組與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析
參考文獻(xiàn)

[1] Zhu W, J.W. Smith, and C.M. Huang. Mass spectrometry-based label-free quantitative proteomics.J BIOMED BIOTECHNOL. 2010; 2010: p. 840518.