基因組De novo測序，也叫從頭測序，即對未知基因組序列或無近源物種基因組信息的某個物種的基因組DNA片段及其文庫進行測序，然后用生物信息學方法進行拼接、組裝和注釋，并對其進行結構和功能研究，盡可能地獲得該物種的基因組序列圖譜，從而推動該物種的后續研究。真核（真菌）和原核生物（細菌）基因組結構存在較大差異，組裝方式和注釋數據庫有所不同，將單菌全基因組測序分為細菌基因組測序和真菌基因組測序；在植物致病性真菌研究方面，可以鑒定致病真菌與農作物互作及致病的相關基因，并可用于研究與其近緣物種的進化關系，比較基因組研究等；在食用真菌和藥用真菌的研究方面，可以用于發現真菌復雜的代謝途徑，鑒定其對人有益的代謝產物，及物種進化關系的研究，比較基因組等；另外還可應用于生物防治真菌的研究，工業酵母菌的研究等。

技術優勢

高性價比：低價獲得 50× coverage的全基因組數據，及其組裝結果

快速精準：擺脫傳統研究方法，從堿基水平獲得物種真實信息

研究內容

1、數據處理

1)  去除接頭污染和低質量數據；

2)  產出數據及質控統計。

2、基因組組裝及概況（GC-depth 分析，k-mer 分析，NT 庫比對）

3、基因組組分分析

1)  基因成分；

2)  重復序列；

3)  真菌非編碼 RNA 預測。

4、基因功能分析

1)  通用功能注釋(默認 KEGG, SwissProt, GO,  可選 Nr，COG)

2)  病原真菌致病性研究

病原與宿主互作數據庫（PHI）注釋；

碳水化合物相關酶（CAZy）數據庫注釋；

細胞色素 P450 數據庫注釋。

3)  分泌蛋白預測。

5、 信息挖掘推薦

1)  數據注釋結果的初級應用

2)  不同類型真菌基因組分析推薦

6、 比較基因組

1)  結構變異（共線性）

2)  基因家族

3)  共有基因和特有基因

4)  物種進化（基于共有基因和特有基因或基因家族構建系統發育樹）

7、定制化信息分析

可結合客戶的需求，協商確定定制化信息分析內容。