基因組De novo測(cè)序，也叫從頭測(cè)序，即對(duì)未知基因組序列或無近源物種基因組信息的某個(gè)物種的基因組DNA片段及其文庫進(jìn)行測(cè)序，然后用生物信息學(xué)方法進(jìn)行拼接、組裝和注釋，并對(duì)其進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能研究，盡可能地獲得該物種的基因組序列圖譜，從而推動(dòng)該物種的后續(xù)研究。真核（真菌）和原核生物（細(xì)菌）基因組結(jié)構(gòu)存在較大差異，組裝方式和注釋數(shù)據(jù)庫有所不同，將單菌全基因組測(cè)序分為細(xì)菌基因組測(cè)序和真菌基因組測(cè)序。

細(xì)菌基因組De novo測(cè)序已取代傳統(tǒng)方法成為研究細(xì)菌進(jìn)化遺傳機(jī)制，關(guān)鍵功能基因的重要工具，可以預(yù)測(cè)重要基因和蛋白以了解其功能和可能機(jī)制；在研究病原菌的致病性與疾病的預(yù)防和治療方面，可以鑒定致病相關(guān)基因、開發(fā)和研究疫苗、開發(fā)新型抗生素等；在研究細(xì)菌進(jìn)化方面，可以研究種內(nèi)進(jìn)化關(guān)系。

平臺(tái)優(yōu)勢(shì)

除久經(jīng)考驗(yàn)的Illumina HiSeq平臺(tái)外，基于單分子成像技術(shù)的BioNano平臺(tái)，為基因組de novo組裝和染色體結(jié)構(gòu)變異提供了全新的研究方法。PacBio RS單分子實(shí)時(shí)測(cè)序系統(tǒng)，無需PCR擴(kuò)增，測(cè)序覆蓋深度不受序列中 GC含量差異影響及其無與倫比的長序列讀長等優(yōu)勢(shì)為合作伙伴提供優(yōu)質(zhì)的基因組組裝等技術(shù)服務(wù)。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

高精度：基因組檢測(cè)成為細(xì)菌鑒定產(chǎn)業(yè)的金標(biāo)準(zhǔn)。

高效運(yùn)作：經(jīng)典案例團(tuán)隊(duì)打造，兼顧商業(yè)合作、科研合作優(yōu)勢(shì)。

研究內(nèi)容

一、基因組組裝

二、基因組組分分析

1)  基因成分；

2)  重復(fù)序列；

3)  非編碼RNA；

4)  CRISPR；

5)  前噬菌體；

6)  基因島。

三、基因功能分析

1)  通用功能注釋(默認(rèn)KEGG、SwissProt、GO，可選Nr，COG)；

2)  動(dòng)物病原細(xì)菌致病性和耐藥性分析（適用動(dòng)物病原細(xì)菌）；

3)  植物病原細(xì)菌致病性分析（適用植物病原細(xì)菌）。

四、信息挖掘推薦

五、比較基因組分析（需要參考序列）

1)  結(jié)構(gòu)變異（共線性）；

2)  共有基因和特有基因；

3)  物種進(jìn)化（基于共有基因和特有基因或基因家族構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹）；

4)  基因家族。